紫菜在自然分類系統(tǒng)中屬于紅藻門(Rhodophyta)，原紅藻(Protoflorideophycese)，紅毛菜目(Bangiales)，紅毛菜科(Bangiaceae)，紫菜屬(Porphyra)。紫菜屬包括真紫菜亞屬(Euporphyra)、雙皮層亞屬(Diploderma)及雙色素體亞屬(Diplastida)三個亞屬。 
    我國藻類學(xué)家曾呈奎與張德瑞根據(jù)葉狀體邊緣有無刺狀突起把真紫菜亞屬又分為3組，即刺緣紫菜組、全緣紫菜組和邊緣紫菜組。圓紫菜、壇紫菜屬刺緣紫菜組；甘紫菜、條斑紫菜屬全緣紫菜組；邊紫菜屬邊緣紫菜組。

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